재단이사장의 아들 제임스 전이 그러한 특수신분을 내세워 2001년 후반부터 학무에 적극개입, 지난 2년 동안 교장의 사전 승인없이 교직원 및 교감급 간부교사를 발령하는 등 쉽사리 납득되지 않은 인사를 수시로 단행했다. 또한 교사들의 사소한 실수에 대해서도 잦은 사유서 처리를 하는 등의 전횡을 휘둘러 동문, 학부모들의 많은 우려와 비판을 받았으며 교직원들 사이에 줄서기 경쟁을 부추기기도 했다.
이와관련 통진학교의 유일한 전교조 회원인 최재웅 교사는 파면조치에 불복, 교조 김포지회 등 10개 시민단체와 함께 부당징계 철회와 학원 정상화를 촉구하는 집회를 연달아 가졌다. 이에 교육인적자원부는 11월 파면처분 취소결정을 학교법인 김포대학에 통보했으며 최교사는 11월10일 학교에 복직했다.
또한 학교법인 김포대학은 지난해 10월 통진면 마송리 및 도사리 소재 토지를 매각하는 과정에서 계약서상의 금액인 12억원보다 훨씬 많은 20억원에 매매가 거래됐으며, 초과금액을 재단전입금으로 환원하지 않고 횡령했다는 의혹이 제기돼 파문을 일으켰다. 한편 통진중고는 수개월새 교장, 교감을 수차례 바꾸는 등 학교 정상화에 차질을 빚으며 교육계와 학부모들의 논란의 대상이 됐다.
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